2006年6月1日，水利部和国务院西部地区开发领导小组办公室在京联合组织召开了西北地区水资源问题及其对策高层研讨会。国务院有关部委和中央企业的代表、西北各省区政府有关部门负责同志、国内知名高校和研究机构的学者200余人参加了研讨会，就西北经济发展与布局、西北水资源与经济社会发展、西北节水型社会建设与水资源配置等问题进行了深入研讨。钱正英院士参加会议并在会上作了题为《西北地区的水资源配置》的报告。
　　钱正英院士首先指出：“西北是我国最干旱的地区，自然环境十分严峻。经过2000多年的疆土开拓，特别是新中国成立以来的快速发展，不少地方的水资源过度开发。许多地方的社会经济用水挤占了生态用水，使天然河湖萎缩以至消失，土地荒漠化迅速扩大，形成严重的生态危机。因此，在今后的发展中，必须确立人与自然和谐共存的方针，必须以水资源的可持续利用，支持社会经济的可持续发展。要坚决调整经济结构和转变经济增长方式，建设高效、节水、防污的经济与社会。不但要统筹兼顾河流的上中下游，而且要充分考虑地表水和地下水的复杂转化，以及地下水的可持续利用。考虑到未来气候变化的不确定性以及本区自然环境对气候变化的敏感性，在配置水资源时，要留有适当的余地，确保水资源的可持续利用。”
　　然后钱正英院士分区提出了水资源配置的意见：1）贺兰山以西的内陆干旱区：要保证河流下游的生态耗水，坚决保持和尽可能恢复沙漠中的河湖格局，使河流下游两岸和终端湖泊周边的天然绿洲生态系统和上中游的社会经济系统合理分享水资源；2）贺兰山以东的半干旱草原区：要防止因超采地下水或建设天然降水所不能支持的人工植被而影响草原的天然植被；3）半干旱区和半湿润区的黄河流域：要合理解决黄河上中游和下游的用水矛盾。
　　最后钱正英院士提出了在西北水资源配置中需要注意的几个问题：1）在节水措施中，应拓宽视野，首先研究调整农业结构和转变农业的增长方式；2）在内陆干旱区，更要强调建设高效节水防污型的城市，与自然环境相协调；3）水利部门要正确认识社会经济需水增长的规律，把握节水与开源的关系；4）关于“生态环境建设”的提法和理解；5）注意环境容量，控制人口过度增长。
　　钱正英院士的报告对转变当前西北地区水利发展的模式，明确今后西北地区水利工作发展的方向，解决好西北地区的水资源问题，实现西北地区经济社会可持续发展具有重要的指导意义。她的报告受到与会者的广泛好评。